胃の粘膜傷害は、基本的に胃酸などの攻撃因子と、胃の粘膜を保護する防御因子のバランスの乱れによるものと考えられます。このバランスを乱す原因として、薬剤やストレスがあります。本来治療を目的とした薬剤が、副次的に粘膜を傷害することがあるからです。
解熱鎮痛消炎薬（非ステロイド系抗炎症薬）が直接的に胃の粘膜を傷害することはよく知られています（アスピリンによる胃炎、胃潰瘍など）。また、これらの薬剤は胃の粘膜を保護する、防御因子を減少させる働きもあります。
過度なストレスは胃酸の分泌が亢進し、酸化反応を引き起こすフリーラジカル（活性酸素など）を発生させ、胃の粘膜を傷害することになります。 このようにして胃の粘膜防御因子が減弱し、さまざま攻撃を受けることにより、胃の粘膜が炎症を起こしやすくなります。さらに、炎症により胃や十二指腸の粘膜が弱くなると、胃酸の攻撃を受けやすくなり胃炎や胃・十二指腸潰瘍になります。
こうした胃粘膜刺激の繰り返しにより胃がんになる場合もあります。
また近年では、ピロリ菌が胃炎や胃・十二指腸潰瘍の形成に関与しているということが明らかになり、診断と除菌治療が保険の適用を受けました。