除菌成功率は１００％ではありません。除菌治療は消化性潰瘍の再発を著明に抑制する画期的な治療法ですが、約２割程度の方は失敗に終わります。失敗の場合には、消化性潰瘍の再発抑制効果が期待できませんので、従来のお薬を飲み続けるか、再除菌を行う必要があります。除菌治療の成否により、治療方法が大きく変りますので、完全にピロリ菌が除菌されたかどうかを確認することが重要です。除菌失敗例では、二次除菌が認められています。その一方で除菌成功例では、ピロリ菌の再感染率（２～３％）は低いと報告されていますが、除菌後にも胃がんが発見されるなどの報告もありますので、定期的に検査をしていく必要はあります。