WHOは1993年「結核緊急事態宣言」に続いて、1994年DOTS戦略を発表し、結核治療の強化を中心とした新しい結核対策に取り組み始めました。この戦略は、それまでの結核治療の失敗の原因であった患者の治療脱落に対し、「規則的な服薬の継続」を患者まかせにせず、毎日患者の服薬を医療職員が見届ける、というもので、まずアフリカ、中米のいくつかの国でいい成績を収め、やがて米国のような低まん延国も含めて世界中に広まっていきました。日本も2001年から、「日本版DOTS」として導入され、普及し、やがて法令で規定される治療方式の一部分となります。
DOTS（Directly Observed Treatment, Short Course、直接観察短期化学療法）の成功をうけて、結核対策は歩留まりの大きい途上国支援、ということで結核問題や結核対策の世界の注目が集まり、さまざまな支援組織が稼働し始めました。

結核菌は、結核の治療薬に対して抵抗性がついてしまい、薬が効かなくなってしまうことがあります（耐性化）。とくに手ごわいのが現在の結核治療の中でもっとも重要なイソニアジドとリファンピシンという2つの薬剤に同時に耐性となってしまう「多剤耐性結核」です。世界的に見て、最近この多剤耐性結核が増加しており、結核の増加を考える上で、現在もっとも深刻な問題になっています。日本でも決して油断はできません（図13）。図13には、最もよく用いられる一次抗結核薬の少なくとも一剤に耐性（図13「何らかの」耐性）頻度も示してあります。

図13 日本の薬剤耐性結核の頻度（2023年）

多剤耐性結核が生まれる背景としては、十分な効果のある薬の組み合わせによる治療が受けられない場合（信頼性のある薬剤感受性検査が行われなかった場合もあります）、または、薬剤の服用が不規則であったり、途中で中断してしまったりすることが挙げられます。治療を終え、結核が治ったようにみえても約2～5％の患者さんで再発が起こります^※。図13の右側（再治療患者）はそのような患者さんでは薬剤耐性になっていることが多いことが示されています。一方、不幸にも耐性結核の患者さんから感染を受けて発病した人は最初から薬剤耐性です（初回治療患者、図13左側）。

主軸の薬であるリファンピシンとイソニアジド（ヒドラジド）に同時に効かなくなると（多剤耐性）、結核の治療はとても困難になります。
治療には副作用の強い薬を何種類も、長期にわたって使わなければなりません。場合によっては手術が必要なこともあります。
それでも成績はあまりよくなく、日本でもごく最近まで、治癒が確認されたのは50～60％程度で^※、残りの多くは死亡するか菌が止まらないままでした。

日本では新たに発生する結核患者のうち多剤耐性の人は全体の0.6％程度ですが、世界的には10％以上にもなる国が少なくありません。2023年の推定MDR/RR患者発生の割合は初回治療患者で3.2％、既治療患者で16％でした。国別の分布では、インド29％、ロシア7.4％、インドネシア7.4％、中国7.3％、フィリピン7.2％等となっています^※。これの対策として有効な薬剤の出現が望まれていましたが、最近相次いで強力な新薬が導入され、効果が期待されています。ただし、これらの新薬に対する耐性が作られないように、DOTSの厳格な適用を含む正しい使用法とそれを支えるための技術の開発（薬剤耐性検査法、早期診断技術等々）がさらに望まれるところです。